税務・会計
税務調査とは？種類、流れ、対象になりやすいケースと対策方法を解説
税務調査とは、税務署が申告内容や帳簿書類などを確認し、適正な申告、納税が行われているかを確かめるための手続きです。
申告内容の確認を目的としたもので、あらかじめ流れや対応のポイントを把握しておけば、落ち着いて臨みやすくなります。
本記事では、税務調査の目的や種類に加え、法人、個人それぞれで調査対象となりやすいケース、調査の一般的な流れ、円滑に対応するためのポイントまで紹介します。
税理士法人Farrow Partnersでは、税務調査に関するご相談を承っております。
事前通知を受けた段階の準備から、必要書類の整理、当日の立ち会い、指摘事項への対応まで、状況に応じてサポートいたしますので、お気軽にご相談ください。
お問い合わせ | 横浜市都筑区の税理士法人 Farrow Partners（ファローパートナーズ）
税務調査とは何か？背景と目的
税務調査とは、税務署や国税局の調査官が納税者の申告内容を確認し、誤りや漏れを正すための一連の手続きです。
日本の税制では、法人税、所得税など多くの税金で納税者自身が税額を計算して申告、納付する「申告納税制度」が採用されています。
そのため、申告内容が正確かどうか第三者がチェックする仕組みとして税務調査が行われます。
もし申告漏れや無申告、経費の過大計上、不正な所得隠しなどが放置されると、納税している多くの人との間で不公平が生じてしまいます。
税務調査は不公平を是正し、適正な税収を確保することが目的です。
参考：税務手続について｜国税庁
税務調査の種類
税務調査には主に任意調査と強制調査の2種類があります。
それぞれ性質が異なるため、違いを理解しておきましょう。
任意調査
任意調査は、税務署や国税局の職員が行う一般的な税務調査です。
事前に電話等で調査日時や対象期間の連絡があり、調査開始日までに一定の時間的余裕をもって通知されます。
そのうえで、決算書や帳簿、領収書などを確認し、申告内容に大きな誤りがないかを確かめていきます。
納税者には調査への協力義務があり、正当な理由なく拒否したり、事実と異なる説明をしたりすると罰則の対象となる可能性があるため注意が必要です。
会社の規模にもよりますが、一般的には1〜2日ほどで調査は終了し、多くのケースでは任意調査だけで手続きが完結します。
強制調査
強制調査は、税務調査の中でも悪質な脱税の疑いが強い場合にだけ行われる特別な手続きです。
国税局査察部が裁判所の令状を取り、自宅や事務所への立ち入りや帳簿、パソコンなどの押収を行います。納税者が強制調査を拒むことはできません。
調査の結果、明らかな脱税が確認されると検察庁に告発され、刑事事件として起訴される可能性があります。
ただし、強制調査の対象になるのは、ごく一部の悪質な事案に限られます。
一般の中小企業や個人事業主が経験する税務調査とは、通常は前述の任意調査を指すと考えてよいでしょう。
参考：第4章 犯則取締り｜国税庁
参考：令和6年度 査察の概要｜国税庁
税務調査が入る確率、頻度について
税務調査が行われる割合（実調率）や頻度は、国税庁が公表している調査件数、申告件数の統計から、おおよその目安を把握できます。
法人は令和6事務年度、個人は令和6年分のデータをもとに算出した実調率と頻度イメージは、以下の通りです。
| 区分 | 申告件数／申告人員 | 実地調査件数 | 実調率（概算） | 頻度イメージ （単純計算による目安） |
| 法人 | 322万件 | 5万4千件 | 約1.68% | 約60年に1回 |
| 個人 | 2,339万人 | 46,896件 | 約0.20% | 約500年に1回 |
参考：令和6事務年度 法人税等の申告（課税）事績の概要｜国税庁
参考：令和6年分の所得税等、消費税及び贈与税の確定申告状況等について （報道発表資料）｜国税庁
※実調率（％）＝ 実地調査件数 ÷ 申告件数（申告人員） × 100
割合は、国税庁の公表資料をもとに算出した概算値です。年や条件によって変動するため、あくまで目安としてご覧ください。個人の実地調査件数は、所得税および消費税（個人事業者）の実地調査件数を合算した値を用いています。
数字だけを見ると税務調査の実施割合は高くありませんが、調査は無作為ではなく、申告内容や取引状況などからリスクが高いと判断されたケースが優先されます。
日頃から帳簿や領収書の整理、売上、経費の根拠を説明できる状態にしておくことが、いざというときの安心につながります。
税務調査の対象になりやすいケース
税務調査は誰にでも起こり得ますが、特に「確認したい点がある」と税務署側が判断した場合に調査対象として選ばれやすくなります。
ここでは、法人と個人それぞれについて、税務調査が入りやすいケースを紹介します。
法人（会社）が税務調査の対象になりやすいケース
過去に申告漏れや不正を指摘されたことがある
過去の税務調査で申告漏れや不適切な処理を指摘された企業は、その後も税務調査の対象になりやすい傾向があります。
税務署としては、「前回の指摘事項がきちんと改善されているか」「同じようなミスが続いていないか」を確認する必要があります。そのため、一定の間隔で申告内容をチェックする場合があるのです。
特に重加算税が課されたようなケースでは、改善状況に注目が集まりやすくなります。
一度指摘を受けた企業ほど、以後の申告や経理処理を丁寧に見直しましょう。
改善の経過が分かる資料を残しておくことが、次の税務調査に落ち着いて備えるうえでも大切です。
売上や利益が大きく変動している
売上や利益の数字が前年と比べて大きく増減している法人も、税務調査の対象として確認されやすくなります。
税務署は申告書を見ながら、「なぜここまで業績が動いたのか」という背景を把握しておきたいと考えます。
特に黒字が続いていた会社が急に赤字になった場合には、という観点から確認されることがあります。もちろん、設備投資や不測の支出など妥当な理由があれば問題はありません。
業績が大きく動いた年は理由を説明できるメモや社内資料を整理しておくと、税務調査の場面でもスムーズに説明しやすくなります。
現金取引が多い（現金管理が重要な業種）
現金取引の機会が多い業種では、帳簿と手元資金の動きを丁寧に確認する必要があるため、税務調査で重点的に確認されやすくなります。
例えば飲食業やサービス業、建設関連業など、現金決済が多い業種が該当します。
日々の記帳が疎かになると数字のズレが生じやすく、現金取引の管理に注意が必要な業態と言えます。
日常的に現金管理と記帳をきちんと行っていれば、適正に申告している事業者が税務調査を過度に心配する必要はありません。
事業規模が大きい（納税額が多い）
事業規模が大きく納税額も多い企業は、税務調査の対象として選ばれやすい傾向があります。
売上や利益が大きい法人では、申告のわずかな誤りでも追徴税額が高額になり、税収への影響も相対的に大きくなるためです。
そのため税務署は、特に問題が見当たらない場合でも、一定の間隔で申告内容を確認する目的の税務調査を行うことがあります。
「大企業ほど税務調査が多い」と言われるのは、決して不正を前提にしているからではありません。税収への影響が大きい分だけ、チェックの必要性が高いという事情によるものと考えると分かりやすいでしょう。
個人事業主が税務調査の対象になりやすいケース
無申告、申告漏れの疑いがある
無申告や申告漏れがあると、個人事業主は税務調査の対象として選ばれやすくなります。
実際には、取引先に税務調査が入ると、支払調書などを通じて税務署が支払額を把握し、申告内容との差異がチェックされます。
その差が大きいと、状況を詳しく確認される可能性が高まります。特にフリーランスや副業収入がある方は、少額でも収入を整理して確定申告を行いましょう。
課税売上高が1,000万円前後にある
個人事業主は原則として、前々年の課税売上高が1,000万円を超えると消費税の納税義務が生じます。
そのため、売上が毎年のように1,000万円前後の水準にある場合は、売上計上や課税、免税の判定が適切かどうかを税務署に確認されやすくなります。
もちろん、事業の実態として自然にその数字になっているのであれば問題はありません。ただし、課税、免税の判定を変えるために、実態と違う形で売上を分けたり計上のタイミングを動かしたりするのは不適切です。
実態に沿った処理を前提に、請求書、入金記録などを整え、数字の根拠を説明できる状態にしておきましょう。
経費が異常に多い、プライベートと混同している
売上に比べて経費の割合が大きかったり、用途がはっきりしない支出が多かったりすると、「事業に必要な支出として適切か」を確かめられることがあります。
個人事業では支出の目的が外から見えにくいことがあり、経費としての根拠を説明できるかどうかが重要になるためです。
特に交際費や旅費などは、仕事と私生活の境目が分かりにくい代表的な科目です。
日頃から「これは仕事のための支出かどうか」を意識し、プライベートな出費は経費に含めないルールを徹底しましょう。
現金取引が多い、新しい分野のビジネスである
現金取引が多い商売や、ネット上の新しいビジネスは、税務調査で取引内容の根拠を確認されやすい傾向があります。
現金取引は通帳に履歴が残りません。また、仮想通貨や動画配信などのネット収入は制度や扱いが変わりやすいため、申告内容の整理が特に重要視されるからです。
現金出納帳の記帳と残高の定期照合、取引履歴、入金記録の保存、整理をしておくと説明がスムーズです。
日頃から記録を揃え、数字の根拠を示せる状態にしておけば、調査時の不安も減らせます。
税務調査の流れ
税務調査は、税務署からの事前連絡をきっかけに、準備と確認を重ねながら段階的に進む手続きです
ここでは、一般的な実地調査（任意調査）の流れを以下の時系列で整理して解説します。
1.事前通知を受ける
2.日程を調整する
3.必要書類を準備する
4.実地調査を受ける（当日）
5.結果説明、通知を受ける
ステップ①事前通知を受ける
通常、税務調査の実施日が決まると、まず税務署から電話で事前連絡が入ります。
連絡が取りづらい場合には書面で通知され、その中で調査の日程、場所、対象税目、対象期間、準備しておくべき書類などが案内されます。
実地調査のおおむね2週間前までに知らせが届くことが一般的です。
なお、ごく限られたケースでは、事前連絡を行わずに実地調査が行われる「無予告調査」が選ばれることもありますが、一般的な事業者にはあまり見られない特殊な対応です。
通知された日程では対応が難しい場合は、理由を添えて早めに税務署へ相談しましょう。
正当な事情があれば日程変更に応じてもらえるケースがほとんどです。
ステップ②日程を調整する
税務署から日程の打診を受けたら、担当職員と相談しながら税務調査の日程を具体的に決めていきます。
基本的には、納税者側の業務予定をふまえ、できる限り負担の少ない日程になるよう調整してもらえます。
一度決まった後でも、入院や親族の葬儀などやむを得ない事情が生じた場合には、改めて変更に対応してもらえる場合があります。
また、税理士の立ち会いを希望する場合は、税務署、納税者、税理士の三者で予定をすり合わせることになります。
税務調査は通常、平日の日中に実施されるため、当日は経営者や担当者が対応できるよう、社内のスケジュールを整えておきましょう。
ステップ③必要書類を準備する
調査日程が決まったら、税務署から指定された調査対象期間の帳簿書類一式をそろえましょう。
通常は直近3年分程度が中心ですが、場合によっては最大7年分までさかのぼって確認されることもあります。保管している書類は、まとめて整理しておくと安心です。
顧問税理士がいる場合は、事前に打ち合わせを行い、資料に不備がないかを一緒に確認しておくのをおすすめします。
調査当日に質問されそうなポイントや税務署と見解が分かれそうな項目を説明できるよう準備しましょう。
また、準備の過程で申告漏れに気づいた場合は、調査開始前に自主的に修正申告を行えば、加算税などが軽減される可能性もあります。
税務調査で提出を求められやすい書類一覧
税務調査では、申告内容を裏付けるため多くの帳簿書類や証憑書類の提示を求められます。
主に以下のような書類やデータは事前に揃えておきましょう。
- 申告関係書類
各年度の確定申告書、決算書、内訳書など、税務署に提出済みの申告書類一式。
個人事業主の場合は所得税確定申告書や消費税申告書、青色申告決算書などが該当します。
- 帳簿類
総勘定元帳や仕訳帳、現金出納帳といった主要帳簿、および売掛帳、買掛帳、固定資産台帳など補助簿類。日々の取引記録そのものなので、必ず準備が必要です。
- 売上、仕入、経費の証憑
領収書、請求書、契約書、納品書など取引の発生や支出を証明する書類です。特に金額が大きい支出の領収書や、接待交際費の明細などは重点的に確認される傾向があります。
- 預金通帳など金融資料
事業用の銀行口座の通帳や取引明細もチェック対象です。売上や支出の入出金が帳簿と合致しているか、不自然なお金の動きがないかを確認します。
- 人件費関係書類
給与台帳、源泉徴収簿、給与支払報告書、社会保険の届出書類、年末調整関係書類など、従業員や役員に関する支払内容を示す資料です。
ステップ④実地調査を受ける（当日）
調査当日は、通常2名程度の調査官が来社し、事業の内容や取引の流れについてヒアリングが行われます。
その後、帳簿、領収書、通帳などの証憑書類を照らし合わせて、申告内容に大きな誤りや漏れがないかを照らし合わせます。
税理士が同席していても、日々の取引状況など経営者でなければ分からない点は質問されるため、説明の要点を整理しておくと安心です。
調査日数は、目安として1〜3日程度です。調査当日におけるポイントは、後述する「税務調査に備えるポイント4選」で解説していますので、参考にしてください。
ステップ⑤結果説明、通知を受ける
調査が終わると、目安として数週間〜数か月程度で結果の通知書が届きます。
申告内容に問題がなければ「是認」となり、「申告是認通知書」が送付されて税務調査は終了です。
申告漏れなどが見つかった場合は、納税者が修正申告を行うか、税務署から更正処分を受け、不足分の税金を納めます。
その際には延滞税や加算税が加わり、意図的な隠ぺいと判断されるケースでは重加算税が課されることもあります。
更正処分の内容に納得できないときは、不服申立てなどの手続きで争うことも可能です。
ただ、実務上は多くの場合、修正申告と追徴税の納付によって、比較的穏やかな形で決着しています。
税務調査に備えるポイント4選
税務調査の通知を受けたら、慌てずに「何を準備し、どう説明するか」を順に整えることが大切です。
ここでは、調査までに押さえておきたい4つのポイントを紹介します。
- 信頼できる税理士に相談、同席してもらう
- 必要書類は整理整頓しておく
- 質問には正直に、あいまいな回答は避ける
- 日頃から正確な記帳と保管を心がける
信頼できる税理士に相談、同席してもらう
不安な点があれば、信頼できる税理士に相談するのをおすすめします。
事前に過去の申告内容や気になる点を共有すれば、想定される質問や必要書類について適切なアドバイスを受けられ、事前準備もスムーズに進められます。
可能であれば、税務調査当日にも税理士に立ち会ってもらいましょう。
専門知識のある税理士が同席すれば、調査官への回答を税理士に任せられる場面も多く、ご自身の精神的な負担も軽くなるはずです。
内部リンク：税務顧問
必要書類は整理整頓しておく
税務署から事前に提示を求められた帳簿や領収書などの証憑類は、漏れなく揃えておきましょう。
種類ごとにファイルや箱にまとめ、すぐに取り出せる状態に整理しましょう。
反対に、当日に書類を探し回るような状態だと、時間もかかり、準備不足と受け取られてしまう可能性があります。
主要な契約書や議事録など「聞かれたときに出したい資料」を手元に控えておくと、調査全体がスムーズに進みやすくなります。
質問には正直に、あいまいな回答は避ける
調査官からの質問には、事実に基づき簡潔かつ正直に答えることが何より大切です。
その場で記憶があいまいな点まで無理に答える必要はありません。
分からない場合は「確認してからお答えします」と伝えましょう。安易な推測で回答すると、数字や説明に食い違いが生じ、誤解を招くおそれがあります。
例えば「この接待の領収書は誰との会食ですか？」と聞かれたとき、記憶が曖昧なら憶測で答えず、後ほど資料を確認してから説明すれば十分です。
当日のやり取りは要点をメモし、参照した資料名も控えておけば、後日の説明でも一貫性を保ち、行き違いを防げます。
日頃から正確な記帳と保管を心がける
税務調査を過度に意識しすぎる必要はありませんが、日頃から帳簿を正しく作成し、証憑類を適切に保管しておくのは重要です。
日々の取引を漏れなく記録し、領収書や請求書なども整理して保存しましょう。
現金取引が多い事業では、現金売上の記録漏れに注意が必要です。帳簿上の現金残高と実際の手元現金が合っているか、定期的に点検しましょう。
また、会計処理や申告は取引実態に基づいて行うことが基本です。判断に迷う取引がある場合は、根拠資料を整えたうえで、必要に応じて専門家に相談しましょう。
日頃から適正な処理と申告を積み重ねておけば、調査の場面でも落ち着いて説明しやすくなります。
税務調査に関するよくある質問（Q＆A）
税務調査について読者が特に不安に感じやすいポイントを、Q＆A形式で分かりやすく整理しました。
- Q1. 税務調査は断ってもよいのでしょうか？
- Q2. 税務調査は何年分さかのぼられますか？
- Q3. 税務調査の連絡が来たら、まず何をすればよいですか？
Q1. 税務調査は断ってもよいのでしょうか？
税務調査では、調査官から質問への回答や帳簿書類の提示、提出を求められます。
虚偽の回答をしたり、正当な理由なく提示、提出の求めに応じなかったりした場合には、法律に罰則の定めがあります。
調査日程は業務都合など合理的な理由があれば変更の相談ができるため、連絡が来たら早めに事情を伝えて調整しましょう。
Q2. 税務調査は何年分さかのぼられますか？
調査の確認範囲は事案により異なりますが、更正や決定ができる期間は、原則として法定申告期限から5年です。
ただし、偽りその他不正の行為により税額を免れた場合には、7年まで行えるとされています。帳簿や証憑類の保存期間も一律ではありません。
例えば法人税の帳簿書類は原則7年で、個人も帳簿、書類の種類や申告区分により5年、7年など保存期間が分かれます。
参考：No.5930 帳簿書類等の保存期間｜国税庁
参考：A1-2、H1-1 所得税及び復興特別所得税の更正の請求手続｜国税庁
Q3. 税務調査の連絡が来たら、まず何をすればよいですか？
まずは連絡内容を確認し、調査の開始日時、場所、対象税目、対象期間などを把握しましょう。
顧問税理士がいる場合は早めに共有し、日程調整と必要書類の洗い出しを進めます。
社内でも当日の対応時間を確保し、帳簿や証憑類を整理しておくことが大切です。
まとめ｜税務調査は、日頃の整理が安心につながります
税務調査とは、申告内容が適正かどうかを確認するための手続きで、法人、個人を問わず誰にでも起こり得ます。
本記事でご紹介したとおり、事前通知を受けた段階から日程調整や書類準備、当日の対応ポイントを把握しておけば、必要以上に構える必要はありません。
日頃から帳簿を整え、証憑を整理して保存しておくことが、いざというときの備えになります。
税理士法人Farrow Partnersでは、税務調査への対応についてご相談を受け付けております。
「まず何から手を付ければよいか分からない」という段階でも構いません。
状況を丁寧に伺い、必要な準備や進め方を一緒に整理いたしますので、お気軽にご相談ください。
お問い合わせ | 横浜市都筑区の税理士法人 Farrow Partners（ファローパートナーズ）
